对非法集资案件进行判决时，认为证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。只有案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，才应当作出有罪判决。
一、如果案件一直查不清会怎么样
1、在审查起诉阶段，认为犯罪事实不清、证据不足，需要补充侦查的，应补充侦查。对于补充侦查的案件，仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
2、在审判期间，如果证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
二、酒驾证据不足会怎么处理
如果酒驾证据不足的，适用疑罪从无的法律规则，不能追究行为人的法律责任。
根据刑事诉讼法规定，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
三、疑罪从无定义是什么
疑罪从无，是指刑事诉讼中，机关、、对犯罪嫌疑人或者被告人的犯罪事实不清，证据不确实、充分，应当不追究刑事责任，依法作出撤案、不起诉和宣告无罪。我国刑事诉讼程序为侦查、审查起诉、审判三个阶段，刑事诉讼法对疑罪从无原则在这三个阶段的适用分别规定了不同的处理方式：审判阶段是适用疑罪从无的典型阶段，我国刑事诉讼法规定，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足，指控罪名不能成立的无罪判决。审查起诉阶段检察机关享有选择适用疑罪从无的原则的权利，刑事诉讼法规定，对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。机关在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民。
【本文关联的相关法律依据】
《刑事诉讼法》第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。