基本农田由土地行政主管部门和农业行政主管部门管理。根据法律规定，各地的土地行政主管部门和农业行政主管部门按规定的职责分工，负责其行政区域内的基本农田保护管理工作。
非法占用基本农田的处罚标准：
违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本条的规定处罚。
占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
认定非法占用耕地罪，需要从以下四个方面着手进行分析：
(一)客体要件
本罪侵犯的客体，是国家土地管理、城市规划等机关的正常活动以及其他有关国家机关的正常管理活动。徇私舞弊行为使国家土地管理法律、法规的顺利实施受到严重干扰，损害了国家土地管理、损害了国家和人民利益。
(二)客观要件
本罪在客观方面表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权，非法批准征用、占用土地，情节严重的行为。
(三)主体要件
本罪主体是特殊主体，即国家机关工作人员，主要是指在各级中的主管人员，土地管理、城市规划等部门的工作人员。
(四)主观要件
本罪在主观方面必须是出于故意，即行为人明知自己的徇私舞弊行为是违反有关法律规定的，明知自己行为可能产生的后果，而对这种后果的发生持希望或者放任的态度。
法律依据：
《基本农田保护条例》第六条
土地行政主管部门和农业行政主管部门按照规定的职责分工，依照本条例负责全国的基本农田保护管理工作。
县级以上地方各级土地行政主管部门和农业行政主管部门按照本级规定的职责分工，依照本条例负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。
乡（镇）负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。
第十五条 基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需要占用基本农田，涉及农用地转用或者征收土地的，必须经批准。
第十六条 经批准占用基本农田的，当地应当按照的批准文件修改土地利用总体规划，并补充划入数量和质量相当的基本农田。占用单位应当按照占多少、垦多少的原则，负责开垦与所占基本农田的数量与质量相当的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。
占用基本农田的单位应当按照县级以上地方的要求，将所占用基本农田耕作层的土壤用于新开垦耕地、劣质地或者其他耕地的土壤改良。